Classroom Crisis berlatar di masa depan, di mana manusia telah menjelajahi luar angkasa dan mendirikan koloni di berbagai planet. Cerita ini berpusat pada sebuah sekolah teknik elit yang juga berfungsi sebagai laboratorium penelitian dan pengembangan teknologi. Kelas yang menjadi fokus utama cerita adalah A-TEC, sebuah kelas yang terdiri dari siswa-siswa berbakat yang mengerjakan berbagai proyek teknologi canggih, terutama yang berkaitan dengan pengembangan roket.
Kisahnya dimulai ketika Kaito Sera, seorang guru sekaligus kepala divisi A-TEC, dan murid-muridnya harus menghadapi tantangan besar setelah perusahaan induk mereka, Kirishina Corporation, memutuskan untuk memotong anggaran divisi tersebut. Hal ini mengancam kelangsungan kelas mereka, dan Kaito harus berjuang untuk menjaga kelasnya tetap berjalan.
Di tengah krisis ini, mereka kedatangan anggota baru bernama Nagisa Kiryu, seorang eksekutif muda yang diangkat sebagai direktur A-TEC. Nagisa, yang ternyata memiliki hubungan rahasia dengan perusahaan, datang dengan tujuan tersembunyi dan membawa perubahan besar dalam dinamika kelas.
