Gift: Eternal Rainbow berlatar di sebuah kota kecil bernama Narasakicho, di mana fenomena misterius yang disebut “Pelangi Abadi” selalu muncul di langit. Dalam dunia ini, orang-orang yang tinggal di kota tersebut memiliki kemampuan untuk memberikan “Gift,” yaitu hadiah sihir yang memungkinkan seseorang untuk mewujudkan keinginan orang lain jika dilakukan dengan penuh perasaan.
Cerita berfokus pada Haruhiko Amami, seorang siswa yang hidup bersama adik angkatnya, Riko. Haruhiko menjalani kehidupan sekolah yang normal hingga suatu hari, teman masa kecilnya, Kirino, kembali ke kota setelah lama pergi. Seiring berjalannya waktu, Haruhiko mendapati dirinya terjebak dalam cinta segitiga yang rumit antara Riko, Kirino, dan beberapa gadis lainnya yang juga memiliki perasaan padanya.
Selain itu, misteri di balik kekuatan Gift dan fenomena Pelangi Abadi perlahan mulai terungkap. Haruhiko harus menghadapi dilema emosional ketika harus memutuskan kepada siapa dia akan memberikan hatinya dan bagaimana Gift yang dia berikan dapat mempengaruhi kehidupan orang-orang di sekitarnya.
