Gugure! Kokkuri-san berkisah tentang Kohina Ichimatsu, seorang gadis kecil yang hidup sendirian dan menganggap dirinya sebagai boneka. Suatu hari, ia memanggil roh rubah bernama Kokkuri-san melalui permainan tradisional Jepang. Meskipun pada awalnya Kokkuri-san berniat untuk menghantuinya, ia malah merasa kasihan pada Kohina dan memutuskan untuk merawatnya.
Seiring waktu, beberapa roh lain seperti Inugami (roh anjing yang obsesif) dan Shigaraki (roh rakun yang malas) ikut bergabung, menciptakan dinamika yang lucu dan aneh. Mereka semua tinggal bersama Kohina, menghadapi situasi konyol dan momen mengharukan di tengah interaksi mereka sebagai makhluk dunia lain yang tinggal di dunia manusia.
