H2O: Footprints in the Sand mengisahkan tentang seorang pemuda bernama Takuma Hirose, yang buta karena trauma emosional yang dialaminya di masa lalu. Untuk memulihkan dirinya, ia dipindahkan ke desa yang tenang dan terpencil, di mana ia bertemu dengan beberapa gadis yang akan mengubah hidupnya.
Di desa tersebut, Takuma bertemu dengan Hayami Kohinata, seorang gadis yang dikucilkan oleh penduduk desa karena alasan yang belum jelas. Dia juga bertemu dengan Hinata Kagura, seorang gadis yang lembut dan baik hati, serta Otoha, seorang gadis misterius yang hanya Takuma bisa lihat. Perlahan, kehidupan Takuma mulai berubah saat ia mulai mengenal lebih dalam kehidupan masing-masing gadis dan mengungkap kebenaran yang tersembunyi di desa tersebut.
