Mirai Nikki: Yukiteru Amano adalah siswa sekolah menengah pemalu yang secara teratur mencatat apa yang dia lakukan dalam kehidupan sehari-hari dengan menuliskan semua aktivitasnya di ponselnya—buku harian digital. Meskipun tidak memiliki teman di sekolah, Yukiteru sering terlihat berbicara dengan teman khayalannya Deus Ex Machina, dewa ruang dan waktu; dan pelayan Deus, Mur Mur.
Suatu hari, Yukiteru bangun dan menemukan bahwa peristiwa-peristiwa tertentu pada hari itu ditampilkan terlebih dahulu di ponselnya. Meski awalnya menganggapnya sebagai suatu kebetulan, dia perlahan menyadari bahwa kejadian yang tertulis di ponselnya sebenarnya akan terjadi dalam waktu dekat. Setelah seharian memanfaatkan aset baru ini, Yukiteru mengetahui bahwa teman sekelasnya Yuno Gasai memiliki buku harian serupa.
Saat keduanya bekerja sama untuk mengalahkan pengejar aneh dan kembali ke rumah masing-masing, Deus Ex Machina menjelaskan bahwa mereka—bersama 10 kontestan lainnya—telah ditarik ke dalam permainan bertahan hidup yang pemenangnya akan menjadi penerus dewa. Karena tidak ada pilihan lain, Yukiteru dan Yuno harus menggunakan ponsel mereka—sekarang disebut “Buku Harian Masa Depan”—untuk bertahan dalam pertempuran royale yang tak kenal ampun ini.
