Rekka no Honoo (Flame of Recca) bercerita tentang Recca Hanabishi, seorang remaja yang terobsesi dengan ninja. Ia memiliki keyakinan bahwa dirinya adalah seorang ninja modern, meskipun banyak yang menganggapnya aneh. Recca sering mencari lawan untuk bertarung, tetapi suatu hari, setelah menolong seorang gadis bernama Yanagi Sakoshita, hidupnya berubah secara drastis.
Recca mengetahui bahwa ia memiliki kekuatan spesial, yaitu mampu mengendalikan api. Lebih jauh lagi, Recca adalah pewaris terakhir dari sebuah klan ninja kuno yang dikenal dengan kemampuan luar biasa. Yanagi juga ternyata memiliki kekuatan penyembuhan, yang menjadikannya target bagi musuh yang mengincar kekuatannya.
Recca kemudian harus menghadapi musuh-musuh kuat yang ingin merebut kekuatannya dan melindungi Yanagi dari ancaman besar, sambil mempelajari lebih banyak tentang masa lalunya dan kekuatan yang diwarisinya. Dengan bantuan teman-temannya, mereka bertarung melawan pengguna kekuatan supernatural lainnya.
