Tonagura! berfokus pada hubungan antara Kazuki Arisaka dan Yuuji Kagura, teman masa kecil yang dulu sangat dekat, tetapi terpisah selama bertahun-tahun. Ketika mereka bertemu kembali setelah Yuuji dan keluarganya pindah kembali ke sebelah rumah Kazuki, Kazuki berharap Yuuji tetap seperti anak laki-laki manis yang dia ingat. Namun, Yuuji ternyata telah tumbuh menjadi remaja yang mesum dan sering kali menggoda Kazuki dengan cara yang tidak terduga.
Kazuki merasa kecewa dengan perubahan Yuuji dan kerap marah karena perilakunya yang sembrono. Meskipun begitu, Yuuji terus berusaha mendekati Kazuki dengan caranya sendiri, sementara Kazuki berusaha menjaga jarak. Di sisi lain, sepupu Kazuki, Marie, dan kakak perempuan Yuuji, Hatsune, sering kali memanaskan suasana dengan intervensi mereka yang kocak, membuat hubungan antara Kazuki dan Yuuji semakin rumit.
