School Days: Siswa sekolah menengah Makoto Itou pertama kali memperhatikan Kotonoha Katsura pada awal semester kedua, tahun pertamanya. Ia langsung terpesona oleh kecantikannya, namun rasa malunya tidak memungkinkannya untuk mendekatinya, meskipun mereka naik kereta yang sama setiap hari. Sebaliknya, dia diam-diam mengambil fotonya dan menjadikannya sebagai wallpaper ponselnya: sebuah pesona yang, jika dirahasiakan, akan membantu Anda mewujudkan cinta Anda. Namun, teman sekelas Sekai Saionji melihat gambar itu, namun alih-alih membocorkannya, dia menawarkan untuk membantu menjodohkannya dengan Kotonoha—bahkan berteman dengannya hanya untuknya. Dengan demikian, ketiganya memulai persahabatan yang dadakan.
School Days mengikuti kehidupan ketiga remaja ini saat mereka melewati suka dan duka yang datang saat menjadi siswa sekolah menengah. Dalam kisah yang hidup dan penuh romansa dan melankolis, kisah ketiga siswa ini akan terus diingat lama setelah akhir yang penting itu.
